Efes Ayasuluk tepesininin güneyinde yer alan St. Jean Kilisesinin tarihi M.S. 2. yüzyıla dayanmaktadır. Hristiyanlarca inanılan efsaneye göre St. Jean tepede yaşamış ve burada ölmüştür. Mezarının üzerine bir anıt dikilmiş M.S. 4. yüzyılda ise bu kilise inşa edilmiştir.
St. Jean Kilisesi Bizans dönemi yapılarının içerisinde en görkemli olanıdır. Haç şeklinde yapılmış olan St. Jean Kilisesine M.S. 527-565 yıllarında Justinyen tarafından kubbeli bir bazilika ilave edilmiştir. Arap akınlarından korunmak amacı ile çevresine surlar yapılmış ve bu surlar Ayasuluk Kalesine bağlanmıştır.
St. Jean Kilisesi içerisinde hazine dairesi, narteks, nefler, atrium, şapel, mezar odası ve vaftizhane bölümleri bulunmaktadır. Kilisenin sütun başlıklarında İmparator Justinien ve İmparatoriçe Theodora’nın monogramları günümüze kadar gelmiştir. Ortaçağdan beri St. Jean’ın mezarından kalkan tozların şifalı olduklarına inanılmış ve Hristiyanlarca bu kilise haç yerine dönüşmüştür.